Naque a Tarsia (CS) il 2 novembre 1580 da Giacomo, noto giureconsulto e da Beatrice Oranges. Si laureò in medicina nell'Università di Salerno "il più antico e rinomato Collegio Medico d'Europa (come nota orgogliosamente egli stesso)".
Nel 1622 gli fu assegnata la Cattedra di Anatomia e Chirurgia nell'Ateneo napoletano, nonchè il posto di Capo Chirurgo Ordinario nel Nosocomio degli Incurabili, dove introdusse nuove iniziative, nuove teorie, nuove pratiche e nuove strumentazioni chirurgiche.
Nel campo della pratica chirurgica fu uno dei primi ad operare di tracheotomia, pratica che adoperò ampiamente nell'epidemia di difterite che si verificò a Napoli durante la sua permanenza. La notorietà che gli derivò dall'attività e capacità di Chirurgo, lo posero al centro dell'attenzione degli ambienti medici e chirurgici del tempo, non solo napoletani, ma internazionali, per cui nell'Ateneo Partenopeo arrivarono medici da tutta Europa e specialmente dalla Germania.
Le sue opere chirurgiche, "Sulla natura degli ascessi", stampata a Napoli nel 1632, "Sull'efficacia della medicina", stampata a Francoforte nel 1646 e quella "Sulla chirurgia" stampata pure a Francoforte nel 1653, mostrano come egli abbia ampiamente meritato il titolo datogli dallo storico Principe della Medicina italiana, Salvatore de Renzi di "Rigeneratore della Chirurgia italiana".
Durante un'altra epidemia che colpì Napoli nel 1656 fu nominato Presidente del Collegio Medico incaricato di accertare la natura del male, detto "Morbo corrente" (Peste), che già nel giugno dello stesso anno falciava, in media, duemila vittime al giorno. Malgrado le sollecitazioni e pressioni di amici di allontanarsi da Napoli, dove "il problema dominante era ormai diventato solo quello di allontanare i cadaveri", non volle abbandonare la città.
Morì di peste il 12 luglio 1656.
All'epoca di Marco Aurelio Severino, molti ricercatori e studiosi si interessarono all'argomento della "pietra fungaia" specialmente dell'Italia Meridionale, sulle cui montagne era più frequente trovarla. Molti naturalisti italiani avevano espresso la loro opinione sulla strana, dura, compatta produzione, che, sepolta in poca terra e regolarmente innaffiata era capace di produrre, per un tempo più o meno lungo, un'abbondante messe di carpofori commestibili. Le spiegazioni di tale fenomeno erano state, fino al tempo del Severino, varie, incerte se non addirittura fantastiche: si credeva, ad esempio, che la pietra fungaia, detta anche "pietra l'incuria" fosse urina di lince fossilizzata e che, partecipando della natura animale e di quella minerale, avesse la facoltà di dare origine a produzioni vegetali, o al limite del Regno vegetale, quale appunto venivano consederati i funghi. Lo studioso calabrese nell'affrontare l'argomento, prese in esame con minuziosa ricerca, scritti e pareri di numerosi naturalisti e studiosi di più discipline, da Caio Plinio Secondo ad Ermolao Barbari, Andrea Cesalpino, Pietro Andrea Mattioli, Ferrante Imperato; dal celebre fiammingo Carolus Clusius a Gerolamo Cardano a Giulio Cesare Scaligero, suffragando la razionale ricerca, (degno seguace della Nuova Scuola Sperimentale), con analisi chimiche possibili in quell'epoca.
Severino era convinto che le "pietre fungaie" non fossero pietre vere e proprie, ma formazioni fungine sotterranee, nè più nè meno come i tartufi, capaci di generare funghi, così come credeva Ferrante Imperato che le chiamava "fartufi fongarii". Era convinto che la "pietra fungaia", partecipando della natura dei tartufi, fosse un vegetale, anzi una spugna vegetale fossilizzata, capace d'impregnarsi di una grande quantità d'acqua e diventare matrice di funghi.
La validità della sua tesi fu confermata dai risultati dell'analisi chimica condotta sui campioni di "pietra fungaia" assieme ad altri ricercatori, e dimostrò come questa non potesse assolutamente essere considerata pietra in quanto la distillazione secca del materiale non aveva dato altro che "acqua fatua", "oleum guaiacinum", cenere e carbone.
Oggi si può dire, anche se le conclusioni dello scienziato calabrese non arrivarono perfettamente alla determinazione dello sclerozio di Polyporus tuberaster, che il metodo di ricerca e studio da lui adottato riflette una convenzione nuova ed efficace nell'indagare la Natura e i suoi fenomeni.